「Arduino」系のボードへバージョンアップなどの理由により「HEX」ファイルを書き込む場合、個人的には以下の二つの方法から選択し、実行している。

(1)　Curaなどのスライサーソフトを起動し、
「プリンターの設定」メニューから、「カスタムファームウェアをインストールする」を使う方法


事前にアップロード対象の"ポート番号"と"通信速度（ボーレート）"を指定しておく必要がある。


※上と同じ"Cura 15.04.6"のバージョンを日本語で使いたい場合、保証は出来ないが以下に"日本語化ファイル"をアップロードしている。
http://www.plotyuki.sakura.ne.jp/blog/blog.cgi?n=540&category=11

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(2)　下記サイトから「XLoder」をダウンロードし、転送対象ボードの"COMポート"と"ボーレート"、アップロード対象の"HEX"ファイルを指定し、アップロードする方法
http://www.hobbytronics.co.uk/arduino-xloader



※事実関係は確認してないが、「XLoder」のスパイウェアに関する記事も存在するため、公式サイト以外からのダウンロードは注意する必要がある。

記事下の添付ファイルは心配な人用「Xloader」